Deux organisations non gouvernementales, Non violent radical party, transnational and Transparty et Women’s Human Rights International Association, ont adressé au Conseil des Droits de l’Homme des Nations-Unies un exposé écrit sur le massacre des prisonniers politiques en 1988 en République islamique d’Iran. Après le cessez-le-feu dans la guerre Iran-Irak, l'ayatollah Khomeiny a promulgué une fatwa (décret) ordonnant l'exécution de tous les prisonniers affiliés à l'Organisation des Moudjahidine du peuple d'Iran (OMPI).

 A la suite à cette fatwa, une « commission de la mort » a été formée à Téhéran avec Hossein Ali Nayeri comme juge en chef et responsable de la commission, Mostafa Pour-Mohammadi, représentant du ministère du Renseignement, Morteza Eshraqi, procureur de Téhéran et Ebrahim Raïssi, procureur en chef adjoint de Téhéran. On a dit aux gens qu'ils devaient essayer d'être « le plus féroce possible contre les infidèles ». Plus tard, la fatwa de Khomeiny a pris la forme juridique d’accusation de « mohareb » (en guerre contre Dieu). Conformément à cette fatwa, des milliers de prisonniers ont été exécutés sur la base de peines prononcées par des tribunaux religieux au début des années 1980. Selon l'ayatollah Montazeri, une seule question a été posée aux prisonniers politiques associés à l'OMPI : « à quel mouvement appartenez-vous ? » Celui ou celle qui mentionnait le nom de l'OMPI devait être exécuté (e) sommairement. Pas un seul prisonnier politique n’a été épargné par la fatwa dans certains établissements pénitentiaires (comme les prisons de Diezel-Abad à Kermanchah, Vakil-Abad à Machad, Gatchsaran, Khoramabad, Kerman ou Masjed-Soleiman). Dans une des sections de femmes de la prison de Gohardacht dans la ville de Karadj, seulement 4 des 200 prisonnières ont survécu. Le nombre élevé d'exécutions à Téhéran et dans d'autres villes s’est terminé dans des charniers. Dans certains cas, plus de 100 corps ont été enterrés empilés les uns sur les autres. Cela n’a jamais fait l’objet d’enquête et les dirigeants iraniens ont essayé d'effacer toutes les traces des tombes. Une fois, fin 2008 début 2009, des bulldozers sont allés aplatir le site des charniers au cimetière Khavaran de la capitale iranienne. Le 20 janvier 2009, Amnesty International a dénoncé les plans du gouvernement visant à détruire le site et a insisté pour que le cimetière soit conservé intact pour les enquêtes. Le 4 février 2001, un article paru dans le journal britannique The Sunday Telegraph déclarait que « la fatwa de Khomeiny avait coûté 30 000 vies ». Un témoin des massacres interviewé en 2004 sous le pseudonyme de Payam par le journal canadien The Toronto Star, a également porté le nombre d'exécutions à près de 30 000.

L'étude la plus complète jamais réalisée sur le massacre de 1988 est celle du juriste australien, le juge Geoffrey Robertson, Président de la Cour internationale de la Sierra Leone. Il a rédigé un rapport détaillé qui a été publié en 2010. Le juge Robertson qui reproche à la communauté internationale son manque de fermeté face à ce crime, considère qu’il s’agit du plus grand massacre de prisonniers politiques depuis la Seconde Guerre mondiale. Il conclut que l'inaction de la communauté internationale et son insensibilité devant ce crime, ont permis au gouvernement iranien de se sentir libre de violer le droit international et de continuer à violer les droits humains. Le silence permet au gouvernement iranien d’exporter le terrorisme vers d'autres terres et de s’engager dans des activités terroristes dans d'autres pays. Il permet également au gouvernement iranien de poursuivre ses ambitions nucléaires sans retenue. Bien qu'un certain nombre d'enquêtes aient été menées à ce jour par des ONG, il est essentiel que cette question soit prise en charge officiellement par le Conseil de sécurité des Nations Unies et le Rapporteur spécial sur les droits de l'homme. C’est d'une importance particulière puisque le gouvernement iranien n'a pas tenu compte des dizaines de condamnations et de recommandations des divers organes de l'ONU et a refusé de permettre au rapporteur de l'ONU de visiter l'Iran et de mener une enquête approfondie

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